Djaja Surya Atmaja memiliki gelar, dr., Sp.F.M,. DFM, SH., PhD
Gelar dokter Djaja Surya Atmaja didapatkan setelah lulus dari Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia pada tahun 1986
Gelar SpFM Djaja Surya Atmaja didapat dengan melanjutkan S2 dengan mengambil jurusan Spesialis Forensik Medikolegal di UI selama 3 tahun. Dokter spesialis forensik dan medikolegal adalah dokter spesialis yang memiliki kemampuan mengelola barang bukti medis berupa benda-benda biologis manusia yang hidup maupun yang sudah meninggal dunia untuk dijadikan alat bukti hukum, termasuk melacak bagian-bagian tubuh untuk kepentingan identifikasi.
Gelar Doctoral PhD Djaja Surya Atmaja didapat dengan melanjutkan S3 di Kobe University Jepang, menjadi dokter DNA pertama di Indonesia pada tahun 1995. Doctoral adalah kepanjangan dari Doctor of Philosophy.
Gelar SH Djaja Surya Atmaja didapat dengan mengambil gelar sarjana kembali di Fakultas Hukum, Universitas Indonesia
Gelar DFM Djaja Surya Atmaja didapat dari
National School of Public Health, Utrect, Netherlands (Belanda) untuk mendalami pengetahuannya tentang forensik pada orang hidup
English 
Indonesian